L'organo a canne è stato costruito nel 2010 da una ditta spagnola. Come il resto della Basilica, anche l'organo attuale è da completare: il progetto finale prevede infatti di dotare la chiesa di uno strumento che conterà ben 8.000 canne in totale, poste in diversi punti.

Allo stato attuale parte delle canne che compongono lo strumento si affacciano direttamente sul presbiterio, mentre un'altra parte (quella ritratta nella foto) affaccia sul deambulatorio.

La luce che filtra dalle vetrate colora il metallo neutro delle canne che a loro volta svettano verso il cielo.